Με το ν.4093/2012 και στο μέρος που αφορά την προθεσμία άσκησης προσφυγής στα διοικητικά δικαστήρια για φορολογικές και τελωνειακές διαφορές από τις επιχειρήσεις, προκλήθηκε μια σχετική σύγχυση ως προς το τι πραγματικά ισχύει. Το υπουργείο Οικονομικών με την ΠΟΛ.1007/10.1.2013 δίνει τις απαραίτητες διευκρινίσεις για το θέμα.
Όπως αναφέρεται στην ΠΟΛ, περιορίστηκε η προθεσμία άσκησης των προσφυγών στις εν γένει φορολογικές και τελωνειακές διαφορές από 60 σε 30 ημέρες και προβλέφθηκε ότι η προθεσμία αυτή αφορά πράξεις που εκδίδονται μετά την ημερομηνία δημοσίευσης του νόμου αυτού. Σκοπός της μείωσης του χρόνου προσφυγής είναι κατά το νομοθέτη η επίσπευση της διοικητικής επίλυσης των φορολογικών διαφορών, καθόσον η προθεσμία για την υποβολή του αιτήματος διοικητικής επίλυσης της διαφοράς ακολουθεί τη νόμιμη προθεσμία για την άσκηση προσφυγής, αλλά και την επιτάχυνση του χρόνου για τη βεβαίωση και είσπραξη των δημοσίων εσόδων. Στην ουσία όμως αφαιρεί χρόνο από τους φορολογούμενους οι οποίοι θέλουν να ετοιμάσουν με άνεση τη προσφυγή.
Τελικά με τις διευκρινίσεις επί της νομοθεσίας (περ. 2 της υποπαραγράφου ΙΓ.2. της παραγράφου ΙΓ. του άρθρου πρώτου του ν. 4093/2012) είναι διακριτές οι προθεσμίες άσκησης προσφυγής για φορολογούμενους και για τη Διοίκηση. Έτσι, η προθεσμία άσκησης της προσφυγής για τους φορολογούμενους ορίζεται σαφώς ότι είναι τριάντα (30) ημέρες, ενώ για τον Υπουργό Οικονομικών ή τα εξουσιοδοτημένα όργανα παραμένει ενενήντα (90) ημέρες.
Σύμφωνα με την ΠΟΛ η ρύθμιση αυτή καταλαμβάνει τις πράξεις που εκδίδονται ή παραλείψεις της φορολογικής αρχής που συντελούνται μετά την ημερομηνία δημοσίευσης του νόμου (12.11.2012), δηλαδή από 13.11.2012.
Στην ΠΟΛ επισημαίνεται ότι οι υποβαλλόμενες προς την Επιτροπή Διοικητικής Επίλυσης Φορολογικών Διαφορών (Ε.Δ.Ε.Φ.Δ.) από την 29.2.2012 και μετά αιτήσεις διοικητικής επίλυσης αμφισβητούμενης διαφοράς κύριου φόρου, τέλους, εισφοράς ή προστίμου άνω των τριακοσίων χιλιάδων (300.000) ευρώ, που έχουν τον χαρακτήρα ενδικοφανούς προσφυγής, κατατίθενται στην αρμόδια φορολογική αρχή μέσα σε προθεσμία εξήντα (60) ημερών από την κοινοποίηση των οικείων καταλογιστικών πράξεων του ελέγχου.
Συνοψίζοντας, για τις πράξεις που εκδίδονται ή παραλείψεις της φορολογική αρχής που συντελούνται από την 21-9-2012 και μετά, η προθεσμία άσκησης της προσφυγής:
α) είναι 30 ημέρες για το φορολογούμενο και
β) παραμένει 90 ημέρες για τον Υπουργό Οικονομικών ή τα εξουσιοδοτημένα όργανα.